Село названо по протекающей в этих местах речке Балахтон. Первые переселенцы – 17 семей государственных крестьян из Вятской губернии – поселились здесь весной 1834 года.
История
В 1840-60-ые годы в поселении активно строили капитальные дома с деревянным настилом и деревянными крышами.
В 1864 году было завершено строительство церкви, и деревня стала селом. Церковь была освещена в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1894 году была открыта церковно приходская школа, преобразованная позднее в двухклассное министерское училище.
В начале XX века уездными властями в село Балахтон было подселено около полусотни семей новых, «столыпинских» переселенцев. Несмотря на близость с Транссибирской железнодорожной магистралью и занятостью на ней части жителей села, основным занятием балахтонцев оставалось земледелие. Кроме того, в начале XX века в селе было два кустарных предприятия – кирпичное и кожевенное. В селе имелись почтовое отделение, кредитное товарищество, общество потребителей и приходское попечительство.
В 1913 году население Балахтона насчитывало около тысячи человек. В связи с появлением новых «столыпинских» деревень, село Балахтон становится центром Балахтонской волости, в которую вошло 26 населённых пунктов.
В 1915 году в селе австро-венгерскими военнопленными завершено строительство больницы.
Во время Гражданской войны в окрестностях села была окружена и принуждена к сдаче оружия трёхтысячная группировка Армии Колчака.
В 1920-ых годах в селе возникла одна из первых в Красноярском крае успешных артелей-коммун, позже преобразованная в колхоз.
В 1961 году колхоз «Победа» был преобразован в Балахтонский совхоз, включивший восемь отделений.
В 1941 году в Балахтон переселили семьи немцев из села Антон Поволжья.
В годы Великой Отечественной войны более трёхсот балахтонцев ушли на фронт, из них более трети не вернулись домой.
В настоящее время Балахтонский сельсовет является в соответствии с законами Российской Федерации и Красноярского края самостоятельным муниципальным образованием, находящимся в границах Козульского района Красноярского края. Местное самоуправление в Балахтонском сельсовете осуществляется в соответствии с Конституцией Российской Федерации, федеральными законами, Уставом и законами Красноярского края, а также Уставом Балахтонского сельсовета.
Административным центром сельсовета является село Балахтон Козульского района.
Балахтонский сельсовет наделён статусом сельского поселения Законом Красноярского края от 18 февраля 2005 года № 13-3011 «Об установлении границ и наделение соответствующим статусом муниципального образования Козульский район и находящихся в его границах иных муниципальных образований.
В состав территории сельсовета входят населённые пункты: село Балахтон, деревни Глушково, Ничково, Красный Яр и Мальфино.
Село Балахтон удалено от районного центра, поселка Козулька, на расстояние 30 километров, от краевого центра, города Красноярск, – 130 километров. Добраться до села можно по автодороге, а ближайшая к населенному пункту железнодорожная станция — Козулька.
Количество населения в сельсовете на 01.01.2015г. составляет 972 человека: по с. Балахтон – 684 человека, по д. Глушково – 46 человек, по д. Ничково – 114 человек, по д. Красный Яр – 106 человек и по д. Мальфино – 22 человека.
На территории муниципального образования Балахтонский сельсовет осуществляют свою деятельность средняя общеобразовательная школа, детский сад «Светлячок», врачебная амбулатория и два фельдшерско-акушерских пункта, сельский Дом культуры, библиотека и два клуба, отделение почтовой связи, аптека, ветеринарный пункт, функционируют Пожарный пост и Скорая помощь. Кроме того на территории сельсовета осуществляют свою деятельность два сельскохозяйственных предприятия: ООО «Таёжный» и ЗАО «Подсосенское», которые специализируются на выращивании зерновых.
Жители сельсовета трудятся в основном в бюджетной сфере, занимаются мелким предпринимательством, работают в сельском хозяйстве,
ведут личное подсобное хозяйство.