В 1840-60-ые годы в поселении активно строили капитальные дома с деревянным настилом и деревянными крышами.
В 1864 году было завершено строительство церкви, и деревня стала селом. Церковь была освещена в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1894 году была открыта церковно приходская школа, преобразованная позднее в двухклассное министерское училище.
В начале XX века уездными властями в село Балахтон было подселено около полусотни семей новых, «столыпинских» переселенцев. Несмотря на близость с Транссибирской железнодорожной магистралью и занятостью на ней части жителей села, основным занятием балахтонцев оставалось земледелие. Кроме того, в начале XX века в селе было два кустарных предприятия – кирпичное и кожевенное. В селе имелись почтовое отделение, кредитное товарищество, общество потребителей и приходское попечительство.
В 1913 году население Балахтона насчитывало около тысячи человек. В связи с появлением новых «столыпинских» деревень, село Балахтон становится центром Балахтонской волости, в которую вошло 26 населённых пунктов.
В 1915 году в селе австро-венгерскими военнопленными завершено строительство больницы.
Во время Гражданской войны в окрестностях села была окружена и принуждена к сдаче оружия трёхтысячная группировка Армии Колчака.
В 1920-ых годах в селе возникла одна из первых в Красноярском крае успешных артелей-коммун, позже преобразованная в колхоз.
В 1961 году колхоз «Победа» был преобразован в Балахтонский совхоз, включивший восемь отделений.
В 1941 году в Балахтон переселили семьи немцев из села Антон Поволжья.
В годы Великой Отечественной войны более трёхсот балахтонцев ушли на фронт, из них более трети не вернулись домой.
